Der Oberschüler Detektiv Shinichi Kudo wurde von der Organisation das Gift Apoptoxin 4869 verabreicht, das ihn töten soll. Statt zu sterben, verjüngt sich sein Körper jedoch um zehn Jahre,jedoch veränderte sich das Nervensystem nicht. Da ihm als Kind kein Polizist Glauben schenkt, vertraut er sich Hiroshi Agasa an. Gemeinsam vereinbaren die beiden, dass niemand von seiner wahren Identität erfahren soll.
Auf der Suche nach ihrem verschwundenen Freund trifft Ran Mori in Shinichis Haus auf die beiden. Sie fragt ihn, wie er heiße, was Shinichi mit "Conan Edogawa" beantwortet. Agasa bittet Ran daraufhin, Conan bei sich zu Hause aufzunehmen, was sie nach Absprache mit ihrem Vater Kogoro Mori akzeptiert.
Auf der Suche nach der Organisation trifft Conan auf Ai Haibara, ein ehemaliges Mitglied der Organisation und Entwicklerin des Apoptoxin 4869. Nach dem Tod ihrer Schwester Akemi Miyano, den Conan in Fall 005 hätte verhindern können, nahm sie das Gift selber ein und verjüngte sich.
Dann gibt es noch die Detective Boys,Die Detective Boys werden von Ayumi Yoshida, Genta Kojima und Mitsuhiko Tsuburaya gegründet.
Als Ai jedpch in die Klasse stößt wird sie ebenfalls Mitglied.



//Zusammenfassung der Folgen ab der wir playen

Kogoro bekommt eine Einladung zu einer Halloweenparty und auch Shinichi bekommt eine. Als Absender steht der Name Vermouth. Als Conan Ai den Namen vorliest, kauert sie sich zusammen. Conan nimmt den Umschlag, auf dem er mit Shinichi Kudo angesprochen wird. In dem persönlichen Brief jedoch, wird er eindeutig mit Conan Edogawa angesprochen. Das heißt, dass die Organisation oder zumindest Vermouth über seine wahre Identität Bescheid weiß und dass er durch das Apoptoxin 4869 nur geschrumpft wurde. Ebenso wissen sie also, dass Ai in Wirklichkeit Shiho Miyano ist und ebenfalls das Gift eingenommen hat. In Agasas Haus klingelt das Telefon und die erkältete Ai nimmt den Hörer ab. Es ist Dr. Araide, der bittet den Professor zu sprechen, doch Ai sagt ihm, dass dieser nicht zu Hause sei. Daraufhin sagt Araide, dass er eigentlich auch etwas von ihr wollte. Er mache sich Sorgen wegen ihrer Grippe und möchte, dass sie in ein größeres Krankenhaus kommt. Araide fragt, ob er sie gleich abholen könne. Ai stimmt zu. Jodie Starling hört über Wanzen jedes Wort mit. Während sich auf dem Geisterschiff, auf dem die Party stattfindet, ein Mord geschieht und Shinichi Kudo auftaucht, der eigentlich Heiji ist und den Fall löst, gerät Wodka in Panik und ruft Gin an. Währenddessen klingelt es am Haus des Professors. Ai zieht sich an und öffnet die Tür. Doch als sie diesen einen Spalt öffnet, schaut sie entsetzt in die Augen von Jodie. Ai will die Tür wieder zu reißen, doch Jodie schiebt ihren Fuß dazwischen. Sie erzählt Ai, dass Dr. Araides Auto eine Panne habe und er sie gebeten hat abzuholen. Dr. Araide fährt währenddessen vor und sieht, wie Jodie Ai zu ihrem Auto führt und davonfährt. Er folgt ihnen. Später stellt sich raus, dass der Doktor in Wahrheit Vermouth ist und Conan sich als Ai verkleidet hat. Die echte Ai taucht jedoch noch auf. Als Vermouth auf Ai schießt, springt
Ai, Conan und die Detective Boys sind unterwegs, als ein Mord geschieht und das Auto den Täter überführt. Ayumi sagt Ai etwas ausschlaggebendes, sodass sie zu Jodie geht und das Angebot des Zeugenschutzprogramms ablehnt.